由于罰款標準幅度太大，實踐中哪些可以每平方米罰100元，哪些罰1000元，涉及自然裁量權(quán)問題。新條例公布后，浙江省自然資源廳、山東省自然資源分別出臺標準，對違法占用土地罰款標準作出規(guī)定 。
2021年12月22日，浙江省自然資源廳以浙自然資規(guī)［2021］15號文印 發(fā)《浙江省自然資源行政處罰裁量基準(土地類)》。該《基準》規(guī)定 ，對未經(jīng)批準或者采取欺騙手段騙取批準，非法占用土地的，除依法責令退還土地，沒收或拆除建筑物外，對占用永久基本農(nóng)田，可以并處非法占用土地每平方米900元以上1000元以下罰款。對占用除永久基本農(nóng)田以外的耕地，可以并處非法占用土地每平方米500元以上1000元以下罰款。對占用除耕地(永久基本農(nóng)田)以外的其他農(nóng)用地或未利用地的，可以并處每平方米300元以上500元以下罰款。對占用建設(shè)用地的，可以并處每平方米100元以上300元以下罰款。
2021年8月27日，山東省自然資源廳關(guān)于印發(fā)《山東省自然資源行政處罰裁量基準》的通知(魯自然資規(guī)［2021］1號)，自2021年9月1日起施行。《基準》規(guī)定，對未經(jīng)批準或者采取欺騙手段騙取批準，非法占用土地的，除依法責令退還土地，沒收或拆除建筑物外，對占用耕地的可以并處非法占用土地每平方米800元以上1000元以下罰款。對占用其他非耕地農(nóng)用地的，可以并處每平方米500元以上800元以下罰款。對占用建設(shè)用地或未利用地的，可以并處每平方米100元以上500元以下罰款。
實行最嚴格的耕地保護制度是我國的基本國策，而永久基本農(nóng)田是優(yōu)質(zhì)耕地，更要加以特殊保護。從兩省規(guī)定來看，兩省地按地類對罰款標準作出的規(guī)定，體現(xiàn)了嚴格保護耕地尤其是永久基本農(nóng)田的處罰導向。在山東省非法占用耕地每平方米罰款800元以上，浙江占用一般耕地每平方米罰款500無以上，占用永久基本的每平方米可處以900元以上1000元以下罰款。照此罰款，違法用地將會付出慘重代價，罰款也會導致傾家蕩產(chǎn)，情節(jié)嚴重的還將會被追究刑事責任。
